1. 误认为微生物肥料是万能肥料或不是肥料
一种认为生物菌肥肥效很高，属万能肥料，甚至说可以完全取代化肥；另一种认为生物菌肥根本不是肥料。这两种说法都不正确，合理使用生物菌肥对作物确实有增产效果，但不能单施，一定要与化肥和有机肥配合施用，才能达到增产提质、减少化肥使用成本、改善土壤理化性状、保护生态环境的目的。
2. 施用生物菌肥后又用杀菌剂灌根
部分菜农在定植时施用了生物菌肥，但在定植一段时间后又用杀菌剂灌根防止根部病害，从而导致生物菌肥中含有的放线菌、芽孢杆菌、毛壳菌等有益微生物被全部杀灭。因此，在未发现严重的根部病害时，不要用杀菌剂灌根。最好是先用杀菌剂处理，待杀菌剂过了有效期（如半个月以后），再施用生物菌肥。
3. 拿生物菌肥当药用
部分菜农定植时施用了生物菌肥，在发现死棵现象后，认为继续冲施生物菌肥就可防止死棵，其结果是死棵现象并未得到有效缓解。目前，很多菌肥中都含有能够杀菌抑菌的有益菌，但这些有益菌分泌的杀菌物质可能只对一种或一类病菌起作用，如木霉菌对韭菜上的白绢病、果树的根腐病都有良好的抑制作用，使用后可减少土壤中病原菌的密度，降低发病概率，但对其他病害作用有限。而且，有益菌释放的杀菌物质，如链霉素、井冈霉素等浓度很低，相对于人工提取的工业化产品作用有限。另外，菌肥中有益菌需要等菌群扩大后才能起到抑菌作用。所以，在病害发生较多的菜地里，翻地时普施生物菌肥，定植前用药剂拌种或蘸根，定植后进行灌根，采取综合措施才是防止死棵的有效手段。当植株出现病害时，用菌肥来防治是不可取的。
4. 用菌肥代替肥料
部分菌肥中含有解磷解钾菌，这些菌种能释放有机酸等物质，将土壤中的无效态磷钾活化，利于植物根系吸收，提高肥料利用率。但植株生长发育所需的营养物质主要还是依靠施用的有机肥和化学肥料来满足的，菌肥起到的仅是辅助作用。以为用了菌肥就可大量减少有机肥和化肥用量的做法是不正确的。
5. 菌肥未及时拌土覆盖、晾晒时间过长
部分菜农在定植蔬菜时，习惯提前挖穴、施肥，第二天再定植，遇到光照好的天气时，生物菌肥暴露在阳光下的时间太长，微生物会被阳光大量杀死，施用效果明显降低。微生物“怕光”，阳光中的紫外线具有强烈的杀菌作用，菌肥施用后需要立即翻入土壤，不能任其暴露在阳光下。
6. 土壤条件恶劣，生物菌不能存活
生物菌肥施用后作用不明显，很重要的因素就是土壤条件不适宜生物菌的大量繁殖造成的。微生物存活并大量繁殖时，需要消耗较多的有机质、氧气等。土壤板结，有机肥用量少，化肥施用过多，土壤盐渍化加重，都会使生物菌的繁殖受到很大影响。因此，生物菌肥最好与腐熟的有机肥一起使用，减少化肥用量，还可通过合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态，保证土壤中能源物质和营养供应充足，从而促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢。
7. 施用量不足，使用方式单一
施用量不足，施用方式单一 定植后，蔬菜根系受伤，抗病性降低，正是最需要有益生物菌发挥作用的时候，若定植时施用量不足，生物菌肥发挥的效果也就不明显。因此，穴施时一定要注意用量充足，蔬菜定植后也要注意追施生物菌肥。
8. 多种生物菌肥混用
不同的生物菌肥中含有的有益微生物种类是不同的，不同的微生物之间容易产生拮抗作用，争夺有机质、氧气、氮等养分。因此，生物菌肥施用过程中，最好不要多种生物菌肥同时施用。
